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Aunque tanto dichas rondas como la posterior fase de grupos serían superadas, finalmente el equipo apenas alcanzaría los dieciseisavos de final, siendo eliminado por el Wolverhampton. Los enfrentamientos con este equipo son conocidos como El Clásico Nacional. En el año 2004 el Real Estelí se convirtió en el segundo equipo nicaragüense en avanzar a la segunda ronda de la Copa Interclubes UNCAF, eliminando al Real Club Deportivo España de Honduras, equipo con el que empató 1 a 1 en el independencia y empató 3 a 3 en Honduras.